Il combattit vaillamment les Séparatistes pendant la guerre des clones, mais se rapprocha de plus en plus du chancelier suprême Palpatine. Celui-ci, derrière son masque de politicien, était un fait un puissant maître Sith. Passé sous son influence, en colère contre son maître Obi-Wan et le conseil qui s'opposait à certaines de ses décisions, furieux contre ses mentors qui lui refusaient l'accès au rang de maître Jedi, hanté par la mort de sa mère et la peur de perdre sa femme à cause de sa grossesse, manipulé habilement par Palpatine lui faisant croire à un complot des Jedi pour renverser la République