Quand son deuxième mandat prit fin, plusieurs années plus tard, 
Amidala fut obligée d'abdiquer, malgré son immense popularité, 
qui lui eût aisément permit d'allonger son règne de quelques 
années. La jeune Reine Jamillia lui succéda. Toujours dévouée à 
la cause publique, Padmé Amidala accepta une place au Sénat et 
servit Naboo en tant que sénateur, reprenant le poste jadis occupé 
par Palpatine, désormais Chancelier Suprême du Sénat. Dans une 
galaxie tumultueuse et criblée de problèmes, son ton naturel et sa 
franche compassion la rendirent très influente au Sénat, devenant 
le leader du mouvement rationnel. Pacifiste convaincue, l'un de 
ses combats les plus importants en tant que sénatrice fut 
d'empêcher la création d'une armée Républicaine censée contrer la 
menace grandissante des Séparatistes. Après un an de débats 
relatifs à ce problème, elle revint sur Coruscant pour participer 
au vote final, mais son vaisseau fut victime d'un attentat. Ce 
fut sa doublure, Cordé, qui mourut à sa place.

C'est également sur Coruscant qu'elle retrouva Obi-Wan et Anakin, 
qu'elle n'avait pas vus depuis dix ans. Après une seconde 
tentative d'assassinat, les deux Jedi furent assignés à la 
protection de la sénatrice, Anakin accompagnant Padmé sur Naboo 
et Obi-Wan enquêtant sur ce mystérieux assassin. Peu à peu, Anakin 
et Padmé lièrent de puissants liens affectifs et commencèrent à 
s'aimer.