Obi-Wan Kenobi, quasiment un Chevalier Jedi maintenant, est envoyé avec Maître Qui-Gon Jinn sur Naboo, sur ordre du Chancelier Suprême Finis Valorum. Leur mission est de mettre fin au blocus de la planète par la Fédération du Commerce. Mais alors qu’ils arrivent, le Vice-roi néimoidien Nute Gunray reçoit, d’une figure de l’ombre nommée “Dark Sidious,”, l’ordre de tuer les Jedis, de détruire le vaisseau avec lequel ils sont venus (le Radiant VII), de couper les communications de Naboo et d’envahir la planète avec leur armée de droïdes de combat.